Existem quatro tipos de missão no jogo:
- Missões ligadas à investigação básica. Os ícones dessas missões são destacados com uma moldura dourada.
- Missões ligadas à investigação adicional. Os ícones dessas missões são destacados com uma moldura prateada.
- Missões de evento. Os ícones dessas missões são destacados com uma moldura ligada à cena e ao tema da investigação especial.
- Missões pessoais para o jogador. Algumas missões exigem que o jogador, e não os personagens, realizem alguma ação: por exemplo, cadastrar a conta ou trocar presentes pelo serviço G5 Friends. Essas missões não interferem na história do jogo, mas valem recompensas. Os ícones dessas missões são destacados com uma moldura azul.