Le jeu comporte différents types de quêtes, notamment :
- des quêtes de l'intrigue au cours desquelles Sherlock Holmes poursuit le professeur Moriarty, déjoue ses plans machiavéliques et tente de rétablir l'intrigue de célèbres romans ;
- des quêtes secondaires au cours desquelles le Dr Watson explore les mondes des livres afin de faire toute la lumière sur les mystères de la bibliothèque ;
- des quêtes spéciales uniquement disponibles lors d'événements spéciaux.