Hay cuatro tipos de misiones:
- Misiones relacionadas con la investigación principal: los iconos de estas misiones se distinguen con un marco dorado.
- Misiones relacionadas con investigaciones adicionales: los iconos de estas misiones se distinguen con un marco plateado.
- Misiones de evento: los iconos de estas misiones se distinguen con un marco relacionado con la escena y la temática de la investigación especial.
- Misiones personales del jugador: algunas misiones consisten en que el jugador, y no los personajes, realice una determinada acción como, por ejemplo, crear una cuenta o intercambiar regalos a través del servicio G5 Friends. Estas misiones no afectan a la historia del juego, pero sirven para obtener recompensas. Los iconos de estas misiones se distinguen con un marco azul.