As missões incluem os seguintes tipos:
- missões relacionadas com o enredo, nas quais o Sherlock Holmes persegue o Professor Moriarty, arruína os seus planos sinistros e reconstrói os enredos alterados dos livros famosos;
- missões adicionais em que o Dr. Watson explora os mundos dos livros e descobre mais sobre os mistérios da Biblioteca (Library);
- missões comemorativas, disponíveis apenas durante eventos especiais (special events).