Existem quatro tipos de missões no jogo:
- Missões associadas à investigação básica. Os ícones destas missões têm uma moldura dourada.
- Missões associadas à investigação adicional. Os ícones destas missões têm uma moldura prateada.
- Missões de evento. Os ícones destas missões têm uma moldura associada ao cenário e ao tema da investigação especial.
- Missões pessoais do jogador. Algumas missões exigem que o jogador, e não as personagens, realize uma ação: por exemplo, registar uma conta ou trocar presentes através do serviço G5 Friends. Estas missões não afetam a história do jogo, mas podem dar-te recompensas. Os ícones destas missões têm uma moldura azul.