A Cidade das Sombras consiste de duas partes. O jogador começa o jogo na Cidade Baixa.
É possível ir para a Cidade Alta após concluir a investigação “Visitantes inesperados” ou durante eventos que ocorrem em locais da Cidade Alta.
Cada parte da Cidade tem seu próprio mapa, locais, casos, missões, coleções e condutores.
Para alternar entre os mapas, pressione o botão do zepelim no Menu inferior.