Le missioni possono essere di vario tipo:
- missioni legate alla storia, dove Sherlock Holmes dà la caccia al professor Moriarty per sventare i suoi sinistri piani e riportare le trame dei libri famosi alla normalità;
- missioni aggiuntive in cui il dottor Watson esplora i mondi dei libri e scopre di più sulla misteriosa biblioteca;
- missioni tematiche disponibili solo durante gli eventi speciali.