Ci sono quattro tipi di missioni nel gioco:
- Missioni legate all'indagine di base. Le icone di queste missioni sono contrassegnate da una cornice dorata.
- Missioni legate all'indagine extra. Le icone di queste missioni sono contrassegnate da una cornice argentata.
- Missioni dell'evento. Le icone di queste missioni sono contrassegnate da una cornice legata alla scena e al tema dell'indagine speciale.
- Missioni personali per il giocatore. Alcune missioni richiedono che il giocatore, e non i personaggi, compia un'azione: ad esempio, la registrazione di un account o lo scambio di regali attraverso il servizio G5 Friends. Queste missioni non influiscono sulla storia del gioco, ma conferiscono delle ricompense. Le icone di queste missioni sono contrassegnate da una cornice blu.