La Ciudad de las Sombras consta de dos partes. El jugador empieza a jugar en la Ciudad Baja.
Es posible acceder a la Ciudad Alta tras completar la investigación "Invitados inesperados" o durante la celebración de los eventos que tienen lugar en esa parte de la ciudad.
Cada parte de la ciudad cuenta con su propio mapa, escenas, casos, misiones, colecciones y ensambladores.
Para cambiar de mapa, pulsa el botón del dirigible que encontrarás en el menú inferior.