Existen los siguientes tipos de misiones:
- misiones del argumento en las que Sherlock Holmes persigue al Profesor Moriarty, arruina sus siniestros planes y reconstruye los argumentos alterados de famosos libros,
- misiones adicionales en las que el Dr. Watson explora los mundos de los libros y obtiene información sobre los misterios de la biblioteca (library),
- misiones festivas que solo están disponibles durante los eventos especiales (special events).