A Cidade das Sombras é constituída por duas áreas.
O jogo começa na Cidade de Baixo.
Podes chegar à Cidade de Cima depois de completares a investigação Visitantes inesperados ou ao participares em Eventos que ocorrem em locais na Cidade de Cima.
Cada parte da Cidade apresenta o seu próprio mapa, locais, casos, missões, coleções e montadores.
Para alternares entre as áreas da Cidade, pressiona o botão do dirigível no menu inferior.