A Cidade das Sombras é constituída por duas partes. O jogador inicia o jogo na Cidade de Baixo.
Pode chegar à Cidade de Cima depois de completar a investigação "Visitantes inesperados" ou durante Eventos que ocorrem em locais na Cidade de Cima.
Cada parte da Cidade tem o seu próprio mapa, locais, casos, missões, coleções e montadores.
Para alternar entre os mapas, pressiona o botão do dirigível no menu inferior.