La Ciudad de las Sombras consta de dos zonas.
El juego empieza en la Ciudad Baja.
Es posible acceder a la Ciudad Alta tras completar la investigación Invitados inesperados o participando en Eventos que tienen lugar en las escenas de la Ciudad Alta.
Cada parte de la ciudad cuenta con su propio mapa, escenas, casos, misiones, colecciones y ensambladores.
Para cambiar entre las zonas de la ciudad, pulsa el botón del dirigible que encontrarás en el menú inferior.